
Turkish: 
Geleneksel olarak insanların araştırmalarında hesap kullandıkları yer
Ne yapacaklarını biliyorlar çünkü sahada uzmanlar ve birçok klasik kullanıcımızı kullanıyorlar.
HPC, verilerini nasıl işlemeyi bildiklerini tam olarak ne istediklerini biliyor
Bilimsel Linux kullanmaları gerektiğini biliyorlar
Verilerini işlemek için yazılımlar yazabilirler ve kendi araştırma sorularını kendileri cevaplayabilirler.
Bildiğiniz kadarıyla bilişim hizmetleri işinin bir parçası sadece donanımın bunu yapması gerekeni anlamadığını sağlamaktır.
Giderek artan bir şekilde başkalarının araştırmalarında hesaplama kullanmak istediklerini tespit ediyoruz.
Ama onlar gerçekten bu becerilere nasıl sahip olduklarını bilmiyorlar, bu yüzden benim rolümün bir parçası
Araştırma problemlerini yazılımın ihtiyaç duyduğu becerilerle ilişkilendirmek ve size ihtiyaç duydukları analiz araçlarını sorularına cevaplarını bilmek
Tıbbi bir kimyagerdi, bu yüzden yeni ilaçlar tasarlayıp üreten bir çeşit sentetik kimyacıydı.
Sizin aracılığınızdaki tüm farklı süreçler, belirli bir ilaç hedefi için küçük bir molekül tasarladığını biliyor.

English: 
Traditionally where people have used compute in their their research
They know what to do because they've they're experts in the field and a lot of our classical users using
HPC know exactly what they want they know how to process their data
They know they need to use scientific Linux
They can write software to process their data, and they can get their own research questions answered by themselves
and you know part of information services job is simply just to provide the hardware in the grunt that they need to do that but
Increasingly we're finding that other people are wanting to use compute in their research
But they're not really knowing how they haven't got those skills so part of my role is to sort of
link up their research problem with the skills needs the software and the analysis tools that they need to you know answer their questions I
Was a medicinal chemist so that's a type of synthetic chemist who designs and makes new drugs, so
All the different processes through you know designing a small molecule for a particular drug target

Turkish: 
Milyonlarca olasılık bulmak için hpc kullanarak bazı hesaplamalı yerleştirme yapmak
Hangisinin kanser tedavisi olduğunu görmek için hangisini yapmalı ve test etmeliyim?
astım
Alzheimer hastalığı veya sadece yeni ağrı kesici I
Doktora yapmak eğitimime başlamış basitçe kimyada. Bu bileşiği hangi reaktifleri kullanacaksınız?
Bunu nasıl yapıyorsunuz ama kariyerimde bir miktar ilerleme kaydettikçe ilaç keşif alanına girdim?
Kimya sadece teknik olarak nerede uygulanmaktadır? Bu araçlardan sadece biri, ilginç ve zekice olan şey bu.
Bu ilaç hedefi. Bu biyolojik etkiye sahip olmak için bu hedefe müdahale etmek için ne yapmalıyım?
Ve ilgim gerçekten bu tür soruları cevaplamak için bilgisayarları kullanmaya başladı.
Peki niye yapıyoruz neden? Çabalarımızı nereye yönlendirmeliyiz?
Geleneksel olarak, tüm tarz araştırmalarında, belirli bir problem hakkında düşünen ve daha sonra bir cevap öneren bir ofiste oturmak gerekir.
Ama o zaman bunu bir kapsam ve olasılık olarak biliyorsunuz. Daha fazla veriye sahip olduğumuzu biliyorlar.

English: 
Doing some computational docking using the hpc to find out of the million possibilities
Which ten should I make and then test to see which might be the cure for cancer?
asthma
Alzheimer's disease or just the new painkiller I
Started off my training doing a PhD in chemistry just the simple. How do you make this compound what reagents to use?
How do you make it but as I sort of progressed in my career moved into the drug discovery space?
Where the chemistry's just applied as the technique? That's just one of the tools and the the interesting and the intelligent thing is
This is the drug target. What should I make to interfere with that target to have that biological effect?
And my interest really looked it moved into sort of the using computers to answer those kind of questions
So what do we make why do we make it? Where should we direct our efforts?
Traditionally in all style research it would just be somebody sat in an office thinking about a particular problem, and then proposing an answer
But then you know that as a scope and possibilities. They increase you know we've got more data available

English: 
We've got more possibilities available it really expands beyond what one person can hold in their head so as research is
interdisciplinary and we use chemists biologists engineers mathematicians
So that you know in a traditional submit' like wet organic chemistry we now need to use computers to help analyze
possibilities data and questions, so yeah kind of expanding that
Research space into using computers is really sort of becoming increasingly more important
how I got involved in HP pcs and computing was doing something called docking so if we have a
Small molecule of a drug molecule say like aspirin or salbutamol though, we think might be a good molecule in a particular drug target
What we can do is use the computer and ask it a question saying does this small drug molecule fit into
This receptor protein how good a fit is it?
Where does it fit in what shape is it when it fits so what we can do is use specialist software
packages to ask that question of
hundreds of thousands or even millions of small molecules so you will prepare a question

Turkish: 
Araştırmalar gibi gerçekten de bir kişinin kafasında tutabilecekleri ötesine uzanan daha geniş olanaklara sahibiz.
disiplinlerarası kimyacı biyologlar kullanıyoruz mühendisler mühendisler
Geleneksel bir sunumda 'ıslak organik kimya gibi' bilmeniz için şimdi analiz etmek için bilgisayar kullanmamız gerekiyor.
olasılıklar veri ve sorular, bu yüzden evet onu genişletme tür
Bilgisayarları kullanmaya yönelik araştırma alanı, giderek daha önemli hale gelmeye başladı
HP bilgisayarlarına nasıl katıldım ve bilgisayar kullanıyorsanız
Bir ilaç molekülünün küçük molekülü, aspirin ya da salbutamol gibi dese de, belirli bir ilaç hedefinde iyi bir molekül olabileceğini düşünüyoruz.
Yapabileceğimiz şey bilgisayarı kullanmak ve bu küçük ilaç molekülünün uygun olduğunu söyleyerek bir soru sormak.
Bu reseptör proteini ne kadar uygun?
Ne zaman uyuyor o zaman hangi şekle uyuyor, ne yapabiliriz uzman yazılım kullanmak
bu soruyu sormak için paketler
yüz binlerce, hatta milyonlarca küçük molekül, böylece bir soru hazırlayacaksınız

English: 
How well do these five million drug molecules fit into this receptor with the question with the software?
I'll submit that question to the HPC queue, and the that's where the HPC takes over and say okay, this guy's got this question
That's broken down into actually 25 million sub questions
And it's the HPC scheduler that then splits that job up into separate Nords and distributing out to different processor cores
So I could have 2,000 processor cores
One working on each drug molecule into that separate receptor when it's finished with that one
It will tell this and a master controller that it's done
and it will be allocated the next one to do so it's kind of like that the HPC is acting as my research assistant and
answering all those millions and millions of questions for me while I'm in the lab making - or
Having a cup of coffee or lunch
Or chatting to the boss about what the next question is that particular question sounds like a very very complicated
Puzzle really isn't it and it sounds like a really complicated puzzle

Turkish: 
Bu beş milyon ilaç molekülü, yazılımla ilgili soru ile bu alıcıya ne kadar uyuyor?
Bu soruyu HPC kuyruğuna göndereceğim ve HPC'nin devraldığı yer ve tamam deyince bu adam bu soruyu sordu
Bu aslında 25 milyon alt soruya bölündü
Ve bu işi daha sonra ayrı Nordslara ayıran ve farklı işlemci çekirdeğine dağıtan HPC zamanlayıcı.
Böylece 2.000 işlemci çekirdeğine sahip olabilirim
Her bir ilaç molekülü üzerinde, biri bittiğinde bu ayrı alıcıya çalışan bir kişi
Bunu ve ana kontrol cihazının bittiğini söyleyecektir.
ve bir sonraki yapılması için tahsis edilecektir, öyle ki HPC'nin araştırma asistanım olarak hareket etmesi gibi.
Laboratuvardayken benim için o milyonlarca ve milyonlarca soruyu yanıtlayarak - veya
Bir fincan kahve ya da öğle yemeği yemek
Veya bir sonraki sorunun ne olduğu konusunda patronla sohbet etmek, bu sorunun çok karmaşık bir ses olduğunu
Bulmaca gerçekten değil ve gerçekten karmaşık bir bulmaca gibi geliyor

English: 
But that the techniques and the software tools for asking that question. How well does that molecule fit into there a very mature?
It's very well known. It's very well understood a subject the problem is really the scale and I
Can't have enough computing power to dock every single possible molecule into every single drug target
It's got to be an intelligent choice, but as computing power is ever increasing
You know Moore's law more processors more memory
I can ask more of the computer get it to tell me more information so I can concentrate on the the chemistry specific knowledge
I'm imagining
Researchers from across the university well certainly across the world wanting to to use computers to do these to answer these questions
Is there one science that uses it more than others or?
No, I don't think there is really I mean. I think traditionally users have come from physics astronomy chemistry
Engineering in particular, but also increasingly biology genomics researchers the life sciences

Turkish: 
Ama bu soruyu sormaya yarayan teknik ve yazılım araçları. Bu molekül oraya ne kadar iyi girebiliyor?
Çok iyi biliniyor. Çok iyi anlaşılmış bir konu, sorunun gerçekten ölçek olduğu ve ben
Her bir tek molekülü, her ilaç hedefine yerleştirmek için yeterli bilgi işlem gücüne sahip olamaz.
Akıllıca bir seçim olmalı, ancak bilgi işlem gücü arttıkça
Moore yasasını daha fazla işlemci daha çok hafıza biliyorsun
Bilgisayardan daha fazla bilgi isteyip bana daha fazla bilgi vermesini isteyebilirim, böylece kimyaya özel bilgilere konsantre olabilirim
Hayal ediyorum
Üniversitenin dört bir yanından araştırmacılar kesinlikle bu soruları cevaplamak için bilgisayarları kullanmak isteyen bilgisayarları kullanmak istiyorlar.
Onu diğerlerinden daha fazla kullanan bir bilim var mı?
Hayır, gerçekten demek istediğimi sanmıyorum. Geleneksel olarak kullanıcıların fizik astronomi kimyasından geldiğini düşünüyorum
Özellikle mühendislik, ama aynı zamanda giderek daha fazla biyoloji genomiği araştırmacıları yaşam bilimleri

Turkish: 
Ve şimdi insanları sosyal bilimler insanlığından ve hatta kullanmaya başlamak için gelen sanattan görüyoruz
Araştırmalarında bilgisayarlar ve bu yüksek performanslı bilgisayar sistemleri
Veya kümeler norm haline geliyor, insanlar bunları şimdi kesinlikle araştırmalarının bir parçası olarak bekliyorlar mı?
Evet tekrar biliyorsun
Yıllara dayanarak, bir akademisyene vermemiz gerekenler
Bir ofis bir masa olurdu yeşil bir tahta ve biraz tebeşir şimdi insanlar gerçekten bekliyor ve bu yüksek performansı biliyorsunuz
Bilgi işlem olanakları kendileri için mevcut ve üniversite bunu yapıyoruz gibi HPC olanaklarını sağlayarak bugün
Ancak onları Amazon ve Azure gibi bulut sağlayıcılardan da kiralamak
Microsoft ve Google ve diğerleri, Google ve Amazon bulut bilişim vb. Alanın bu liderlerini düşünüyor.
Tüm bu seçeneklerin mevcut olması durumunda, neden kendimiz yapmak isteyebilirsiniz?
Birincisi ve her şeyden önce bu şirketler bu konuda gerçekten iyi
Ancak çoğu şirket bu konuda gerçekten iyi çünkü bunu yapmak için ücret alıyorlar
Bu yüzden, başkasının kitini kiralamak için kiralamanın maliyeti daha yüksek.

English: 
And we're now seeing people from the social sciences humanity and even arts coming in to start using
Computers in their research and are these high-performance computing systems
Or clusters are becoming the norm are people expecting these as part of their research now absolutely
Yes, you know again
Going back years what we need to provide to an academic
Would be an office a desk a green board and some chalk now people really expect and you know that high performance
Computing facilities are available to them and the university does that by providing HPC facilities like we're just looking at today
But also renting them from cloud providers like Amazon and Azure
Microsoft and Google and others as well thinking of those leaders of the field Google and Amazon cloud computing etc
Why would you do it yourself if all those options are available was a number of reasons we might want to do it ourselves
First and foremost those companies are really good at it
But most companies are really good at it because they charge for doing it
So there is a higher cost associated with renting somebody else's kit to do it

English: 
There are times when we need to do it on-site for security reasons
So if we're working on some very sensitive research material, maybe something in the medical field with patient data
We'll need to guarantee to the funders and who owns that data
It's very safe and secure by keeping it on-site
Equally we might be doing something say with genomics research where the quantity of data is so vast in you know
Terabytes of data per hour that we need to analyze it and process it here on site
And that the costs and the time associated with shipping that data somewhere else
to process it and answer those research questions
And then bring the data back again is is prohibitive equal at those times where we're using remote data. Say satellite imagery or
data from the Human Genome Project
Well that data already exists off in the cloud
So it makes far more sense there for our researchers to take the question to the data
And analyze that data off-site so kind of by offering both
We can hopefully give researchers the ability to choose this one's better for me

Turkish: 
Güvenlik nedenleriyle yerinde yapmamız gereken zamanlar vardır.
Bu yüzden çok hassas bir araştırma materyali üzerinde çalışıyorsak, belki tıbbi verilerle hasta verileriyle ilgili bir şeyler yapabiliriz.
Fon verenlere ve bu verilere sahip olanlara garanti vermemiz gerekir
Yerinde tutarak çok güvenli ve güvenli
Eşit derecede, genom araştırmalarıyla birlikte, sizin adınıza çok büyük miktarda veri bildiğiniz bir şeyler yapıyor olabiliriz.
Analiz etmek ve burada sitede işlemek için gereken saat başına terabayt veri
Ve bu verilerin başka bir yere gönderilmesiyle ilgili maliyetler ve zamanın
işlemek ve bu araştırma sorularını cevaplamak için
Ve sonra verileri tekrar geri getirin, uzak verileri kullandığımız zamanlar eşit değildir. Uydu görüntülerini söyle veya
İnsan Genom Projesinden elde edilen veriler
Peki bu veriler bulutta zaten var
Bu yüzden araştırmacılarımızın soruyu verilere götürmesi çok daha anlamlı.
Ve bu verileri kurum dışında da her ikisini de sunarak analiz edin
Umarım araştırmacılara bunun benim için daha iyisini seçebilme yeteneği verebiliriz.

Turkish: 
ya da bu benim için daha iyi, bir soru sorman ve bir hata yaptığın için çok yanlış gider.
HPC'nin boşa harcadığı saatler, saatler veya günler - kesinlikle, bahsettiğimden daha fazla başıma geldi
Özellikle bir zamanlar küçük molekülleri bir ilaç işareti olarak yerleştirenleri yapıyordum.
Sadece birkaç yüz bin hedef alıyor, giderek artan bir hata dosyasını çalkalamaya başladığı bir tür yazılım hatası vardı.
hata dosyasının boyutu 300 gigabayttan geçti
Tüm sistemi engeller başkalarının işleri başarısız oldu 20 ya da öylesine insanlar bana çok kızdılar ki araştırmalarını öldürdüm
Ancak araştırmada bu tür şeyler olur
ve sanırım bu, laboratuarda patlayan profesörün hesaplamalı eşdeğeri.
Ayrıca yaptığım odanın her yerine malzeme püskürterek
Belki de Profesör Moriarty ile birlikte fizik laboratuarındayım.
Ve bazı bilgisayar zamanları yapmak istiyorum, bu kiti kullanmam bana ne kadara mal olacak
Şu anda güzel bir soru
Araştırmacılarımızdan aslında bir HPC tesisi kullanmaktan doğrudan sorumlu değiliz.
Yani saat başına hayır yok
kullanım ücreti

English: 
or this one's better for me does it ever go horribly wrong in that you ask a question and you've made a mistake and
Wasted hours and hours or days of HPC - absolutely, it's happened to me more times than I care to mention
One time in particular I was doing those docking small molecules as a drug mark
Targets only a couple of hundred thousand there was some sort of software error it started churning out an ever-increasing error file
size of the error file went through 300 gigabytes
Blocks the entire system everybody else's jobs failed 20 or so people quite angry with me that I just killed all of their research
But that kind of thing does happen in research
and I guess that's the that's the computational equivalent of the professor having an explosion in the lab and
Spraying stuff all over the room which I've also done
Maybe I'm in the physics lab working with Professor Moriarty
And I want to do some computing time how much it gonna cost me to use that kit
That's a good question at the minute
We don't actually charge our researchers directly for using an HPC facility
So there's no per hour
charge for using a

English: 
Computer core you do know this is going to be available for them to all watch and then they're all going to start
clamoring after this absolutely you know and
If more people need more resources and we can provide them we can we can look to work for them what we want our research
To be ambitious and to try and push the boundaries, and we can't do that by restricting
Unnecessary access to kit if money doesn't really come into it in that way how do you decide who does what and are there fights?
That erupt as to who needs to compute power more than who else there are vigorous discussions each time we get a new
HPC system and you know you you you can see in there it's a large
HPC there are so many processor cores and it can be used for such and such a period of time
and there's always a debate about
How much of it at any one time is somebody allowed to use and how long can any one person's job go on through so?
Very much like Tetris how can I fit these variable width and size blocks in?
Is it better for me to use a thousand calls for 10 hours or 100 calls for many thousands of hours?

Turkish: 
Bildiğiniz bilgisayar çekirdeği bunun herkesin izleyebilmesi için uygun olacağını ve sonra hepsi başlayacağını biliyor
bundan sonra çarparak kesinlikle biliyorsun ve
Eğer daha fazla insan daha fazla kaynağa ihtiyaç duyuyorsa ve onlara sağlayabilirsek, araştırmamız için istediklerimizi araştırabiliriz.
Hırslı olmak ve sınırları zorlamaya çalışmak ve bunu kısıtlamak suretiyle yapamayız.
Eğer para gerçekten bu şekilde gelmezse kit için gereksiz yere erişim, kimin ne yapıp neyin kavga edeceğine nasıl karar veriyorsunuz?
Bu, gücü her kim yeni bir karar aldığımızda güçlü tartışmaların olduğu kimlerden daha fazla hesaplamaya ihtiyaç duyduğu konusunda patlak veriyor.
HPC sistemi ve sizi görebiliyorsunuz orada görebilirsiniz büyük
HPC çok fazla işlemci çekirdeği var ve böyle bir süre için kullanılabilir
ve her zaman hakkında bir tartışma var
Herhangi bir zamanda ne kadarının kullanmasına izin verilir ve herhangi bir kişinin işi ne kadar sürebilir?
Tetris'e çok benzeyen bu değişken genişlik ve büyüklükteki bloklara nasıl sığabilirim?
10 saat boyunca bin çağrı, binlerce saat boyunca 100 çağrı kullanmam daha mı iyi?

Turkish: 
Ve bu iş yüküne nasıl uyurum, daima tartışmaya neden olan birkaç anlaşmazlığa neden olur?
Her zaman sabahları çok uzun ipuçları vardır, ama bu böyle
Kitap, karar verme açısından nerede duruyor, bir insan gelip dediği gibi bir yazılım dünyasında bırakılıyor mu?
Süreci her gözden geçirdiğimizde, bir grup insan oturup oturup karar verecek.
biz adil olduğunu düşünüyorum
Herkesin dört güne kadar bin dolara kadar koşmasına izin veriliyor ve bu kararları alıyoruz.
Bir araştırma topluluğu olarak ve daha sonra yazılım şiddetle bu sınırları bizim için zorlar
bu yüzden yalnızca yüzlerce veya binlerce kişiye kadar izin verilir ve işiniz yalnızca
En fazla dört gün ve dört günden fazla devam ederse durdu ve bir sonraki kişiye buna erişim izni verildi
Kaynak araştırmayı sınırlayacak şekilde, değil mi?
Araştırmacıların aynı şekilde kendi araştırma planlarına uymaya çalışması gereken bir şey.
Ofis alanı ve laboratuvar alanı sınırlayıcı bir faktör olabilir

English: 
And how do I fit that workload it always causes vigorous discussion few disagreements?
There's always morning that the cues far too long, but that's just how it is
Where does the book stop in terms of the decision-making is it left at a software world as a human come in and say?
Every time we sort of review the process a group of humans will sit sit down and decide okay
we think it's fair if
Everybody's allowed to run up to a thousand cause for up to four days time and we kind of sit down and make those decisions
As a research community, and then the software vigorously enforces those limits for us
so you are only allowed up to so many hundreds or thousands and your job is only allowed to run for a
Maximum of four days and if it goes over four days it stopped and the next person's given access to that
Resource in a way that could be limiting research, right?
It's something that the researchers have got to trying to fit into their research plans such as in the same way that
Office space and laboratory space can be a limiting factor

Turkish: 
Araştırma sorumu bilgisayara nasıl bölüştüm, daha iyi miyim?
kısa bir süre için iki bin çağrı kullanmak ya da
Yalnızca bin çekirdekle sınırlıdır ve daha uzun bir süre boyunca çalışması gerekir
Yine de bu kararları almak için hesaplama konusunda adil bir parça bilmeniz gerekiyor mu?
geleneksel olarak evet, bence bu kararları almak için bilgisayarların nasıl çalıştığı hakkında çok şey bilmek zorundasınız.
Araştırmada bilgisayar kullanımı diğer alanlara geçerken şimdi görüyoruz
Rolümün bir parçası insanlara yardım etmek
Bilgisayarların, bir araştırmacı için bilgisayarların çok farklı bir şekilde çalıştığını düşündüğünü anlayın.
Aynı soruyu uzun süre paralel olarak cevaplamanın iyi olduğunu biliyorlar.
Bunu nasıl yapacağınızı değiştirme
Nasıl ekleyeceğinizi şahsen, bazılarını yapın
Bir bilgisayarın aynı anda birçok farklı şeyi nasıl yapacağını hesaplar.
Bazı insanlar için adım değişikliği mi var?

English: 
It's how do I divide my research question up onto the computer am I better?
using two thousand calls for a short period of time or is it the kind of question that is
Only limited to a thousand cores and needs to run for a longer period of time
Do you need to know a fair bit about computing just to make those decisions, though?
traditionally yes, I think there has been an expectation you have to know a lot about how computers work to make those decisions, but
We are seeing now as the use of computers in research moves into other areas
part of my role is to try and help people to
Understand how computers think as computers work in a very different way to a researcher
they know good at answering the same question for a long period of time in parallel so sort of
Changing how you would do it in
In person how you would add do some
calculations to how a computer would do it lots of different things at the same time it is a
Is a step change for some people?

Turkish: 
Cihazın kendisi oldukça geneldir. Bunların standart olduğunu biliyorsun.
Blade muhafazaları depolamanın standart depo olduğunu, bunun içinde 240 terabaytımız var
Hepsi bir minibüs ile birbirine bağlı

English: 
The equipment itself is fairly generic. You know that these are standard
Blade enclosures the storage is standard storage we have about 240 terabytes in this
It's all connected up by a minivan
