
Bulgarian: 
Да речем, че имаш няколко епруветки тук,
и в тези разтвори
имаш фрагменти от ДНК.
Нека видим
какви ли фрагменти има
в тази първата епруветка,
в епруветка номер 1.
Колко са дълги тези фрагменти?
Колко базови двойки имат?
Колко са дълги те?
Може би ще си кажеш: "Добре, защо
просто не ги извадим и преброим?"
Въпреки че са невероятно малки
и е ужасно трудно да се борави с тях.
Дори относително голям фрагмент от ДНК,
да речем, че говорим за нещо
от порядъка на 5000 базови двойки,
ако го изправиш напълно,
ще бъде приблизително
един до два микрометра дълъг.
И дори не можем да си помислим колко тънък
ще бъде реалният диаметър,
но по отношение на дължината ще бъде
един или два микрометра. Което е супер миниатюрно.
Това е една или две хилядни от милиметъра.
Това няма да ни помогне да

English: 
- [Voiceover] Let's say that
you have some vials here,
and you know that in the solution
you have fragments of
DNA in each of these,
and what you're curious about, well,
what about the DNA fragments in our,
in this first vial?
In vial number one.
How long are those fragments?
How many base pairs?
How long are they?
Well, you might say, well why don't I just
take them out and count them?
Except for the fact that
they're incredibly small
and incredibly hard to handle.
Even a fairly large fragment of DNA,
let's say we're talking about something
that's on the order of 5000 base pairs,
well that's going to be approximately
one to two micrometers long
if you were to completely stretch it out.
And we can't even start
to think about how thin
the actual diameter is, if we just,
but length-wise, the long
way, it's only going to be
one to two micrometers
which is super duper small.
This is one to two
thousandths of a millimeter.
So that's not going to help us to somehow

Bulgarian: 
боравим с него с ръце.
Или с някакви твърди инструменти.
Тогава как постъпваме?
И можем да имаме други други епруветки.
Как разбираме точно колко дълги са
ДНК-веригите в тези епруветки?
Методът, който ще използваме,
гел електрофореза, всъщност може
да се използва за ДНК вериги, РНК вериги,
може да се ползва и за протеини,
за която и да е от тези молекули,
за да се види колко дълги са фрагментите.
Нека запиша това.
Гел електрофореза.
И се нарича гел електрофореза,
защото включва гел,
електрически заряд,
а фореза се отнася просто до
това, че ще накараме ДНК-фрагментите да
мигрират през гела вследствие от заряда.
Форезата се отнася към миграцията
или движението на самата ДНК.
Как правим това?

English: 
try to manipulate it
physically with our hands
or with, you know, kind of rough tools.
So how do we do that?
And we could have other vials there.
How do we see how long the DNA strands
that are sitting in
those vials actually are?
And the technique we're going to use,
gel electrophoresis, it
actually could be used for
DNA strands, it could be used for RNA,
if could also be used for proteins,
any of these macromolecules,
to see how long are those fragments?
And so let me write this down.
Gel electrophoresis.
And it's called gel electrophoresis
because it involves a gel,
it involves electric charge,
and phoresis is just
referring to the fact that
we are going to cause the DNA fragments
to migrate through a gel
because of the charge.
So phoresis is referring to the migration,
or the movement of the actual DNA.
So how do we do this?

English: 
Well here is our set up, right over here.
We have our gel, that's inside of a,
that's embedded in a buffer solution.
So this gel, the most typical one is
agarose gel, that's a polysaccharide
that we get from seaweed,
and it's literally a gel.
It's a gelatinous material.
And what we're going to do is,
is we're going to put,
we're gonna take samples,
so we might take a little sample from
this one right over here,
and we'll put it in this well,
right over here.
And you can view these wells
as little divets in the gel.
You could take a little sample from here
and put it into this well.
And then you could put a sample from here,
and you could put it in that well.
And it's going to be bathed
inside of this buffer,
so you can see the buffer
I drew, this fluid,
and that's really just
water with some salt in it.
And the buffer is going to keep the pH
from going too far out of bounds

Bulgarian: 
Това е нашето устройство ето тук.
Имаме нашия гел вътре,
който е вкаран в буферен разтвор.
Най-типичният гел е агарозата,
вид полизахарид,
получен от водорасли.
Буквално е гел.
Желеподобен материал е.
Това, което ще направим,
е да вземем проби,
малка проба
от тази ето тук
и да я сложим в това гнездо
ето тук.
Това са малки падинки в гела.
Можеш да вземеш малка проба
оттук и да я сложиш в това гнездо.
И после можеш да веземеш проба от тази
и да я поставиш в това гнездо.
Те ще бъдат покрити от буфера.
Можеш да го видиш нарисуван, тази течност.
И това е просто вода с някакви соли.
Буферът ще спомогне pH-то
да не излиза извън граници,

English: 
as we place a charge
across this entire thing,
because if the pH gets too far in the
basic or acidic side, it
might actually affect the DNA,
or affect the charge on the DNA.
Now what we're going to do is,
we're gonna put a charge
across this whole setup.
Where the side where the wells are,
where we're gonna place the DNA,
that's going to be where we're
gonna put the negative electrode,
so that's our negative electrode there.
And the other end is going
to be our positive electrode.
And we're going to use the fact
that DNA has a negative
charge at the typical pHs,
or the pHs that we are
going to be dealing with.
Now we can go back into previous videos,
and we can see it right over here,
you see these negative charges
on our phosphate backbone.
And so what is going to happen?
What is going to happen once we connect
both of these to a power source,

Bulgarian: 
когато пуснем заряд през цялото това нещо.
Защото, ако pH отиде твърде много
към киселинност или основа, може да окаже влияние на ДНК-то
или на неговия заряд.
Сега ще пуснем
заряд през цялото устройство.
От страната с гнездата,
където е сложено ДНК-то –
тук ще сложим
негативния електрод.
Това тук е негативният електрод.
На другия край ще бъде позитивният заряд.
И ще използваме факта, че
ДНК има отрицателен заряд при обичайното си pH,
това pH, с което работим.
Сега можем да се върнем в предишни видеа
и да го видим ето тук.
Виждаш тези минусови заряди
на фосфатната верига.
Така, какво ще се случи?
Какво ще стане щом свържем
тези двете към ел. източник?

Bulgarian: 
Тази страна е отрицателна, а тази положителна.
ДНК-то ще иска да се придвижи.
Нека помислим как ще се случи това.
Ще мигрират ли по-надалеч по-късите неща
или по-дългите ще отидат по-напред?
Може би ще си кажеш: "По-дългте неща
имат по-голям негативен заряд
така че вероятно те ще отидат по-натам."
Но трябва да помниш,
че те движат и по-голяма маса.
Затова техният заряд по маса ще
бъде същият, независимо от дължината.
Какво определя колко далече ще стигне нещо,
колко ще мигрира за определен период от време?
Това колко малко е то.
Спомни си, имаме този агарозен гел.
Хората все още изучават точния механизъм
как това ДНК, или тези молекули,
всъщност мигрират през полизахарида.
Но ако си представиш този полизахарид
като тази мрежа, тази цедка –
по-малките неща ще могат
да преминат през пролуките по-лесно от по-големите.
Ако оставиш да мине някакво време,
част от ДНК-то –
да речем това ДНК –
ще дойде дотук.

English: 
and then this side is negative
and this side is positive?
Well the DNA is going to want to migrate.
Now, let's think about what will happen.
Will shorter things migrate further,
or will longer things migrate further?
Well you might say, well
longer things are going to
have more negative charge,
so maybe they go farther away,
but then you also have to remember
that they're also moving more mass.
So their charge per mass
is gonna be the same
regardless of length.
And so what determines
how far something gets,
how much it migrates over
a certain amount of time,
is how small it is.
Remember, we have this agarose gel,
and people are still
studying the exact mechanism
of how this DNA, or these macromolecules,
actually migrate through
the polysaccharide,
but if you imagine this polysaccharide
is kind of this mesh,
this net, this sieve,
well smaller things are gonna be able
to go through the gaps easier
than the larger things.
And so if you let some time pass,
if you let some time pass,
some of the DNA, let's say this DNA,
gets around there.

Bulgarian: 
Просто слагам цветове,
всъщност няма да ги виждаш така.
И да речем това ДНК стига дотук.
Не стига чак толкова напред.
Да речем, че това ДНК не се придвижва толкова.
Да речем, част от него стига дотук,
и част мигрира дотук.
След това изчакваш малко време
и като се върнеш, виждаш тази миграция.
Ще видиш да се е случила тази миграция.
И колкото повече чакаш,
толкова по-надалече ще стигнат тези.
Всъщност ако изчакаш твърде дълго,
те ще паднат през другия край.
Ако си видял това, би си казал:
"Добре, тази нишка тук –
би трябвало да са по-малки ДНК-молекули.
Трябва да са по-къси.
Тези трябва да са малко по-дълги,
а тези дори още по-дълги.
Тази група тук ще да е
най-дългата от всички."
Това е била смес от по-дълги нишки,
и пак по-дълги, но не чак толкова.
И примерно е имало съвсем къси нишки,

English: 
Let's say, and I'm just color,
you actually wouldn't see these colors,
let's say this DNA gets around that far,
so it doesn't get as far.
Let's say that this DNA doesn't migrate,
let's say it has some
that migrates that far
and let's say it has some
that migrates that far.
And so if you just saw this,
you wait some amount of time,
and you were come back and you
were to see this migration,
you were to see this migration occur,
and the longer you wait,
the further these things are gonna get.
In fact, if you wait too long
they're gonna fall off all
the way over the other edge.
Is, if you just saw this you'd say
okay, well this strand right over here
these must be smaller DNA molecules.
They must be shorter.
These must be a little bit longer,
and these must be even longer than that.
And this grouping right over here
is going to be the longest of all.
So this was a mixture
of some longer strands
and still longer ones,
but not quite as long.
And, for example, maybe there
are some really short strands,

Bulgarian: 
съвсем къси тук.
Рисувам ги като тази оранжева група
ето тук.
Това, което направих току що,
може да ти каже относителната дължина на веригите.
Как точно ги измерваме?
Като намериш стандартизирани разтвори,
които наричаме ДНК-маркери.
Да речем, че имаш ДНК маркера.
Ще го нарисувам в розово.
Можеш буквално да го купиш.
Можеш да го купиш онлайн.
И стандартният разтвор,
да речем, се разделя ето така.
Това отива тук,
част от него стига тук,
и част тук.
Тогава ще можеш да разбереш от маркировката,
в зависимост какво си купил,
че тази група тук, това ДНК има
5000 базови двойки например.
Да речем, това тук има 1500 базови двойки.
А това тук например

English: 
maybe there were some really short strands
in that, what I'm drawing
as, that orange group
right over here.
So, what I just did right over here
this could tell you the
relative length of these strands
but how would you actually measure them?
Well that's where you can go
find standardized solutions,
which we call a DNA ladder.
And so let's say you
go get the DNA ladder,
I'm gonna draw it in pink,
so you literally could buy this.
You can buy it online.
And the standard solution let's say
it separates like this.
So it separates, that goes there,
let's say some of it goes like, there,
and some of it goes like, there.
Well you would be able to
know from the labeling,
or whichever one you choose to buy,
that this grouping here,
this all of the DNA
that is 5000 base pairs let's say.
Let's say this right over
here is 1500 base pairs.
And let's say this over here is,

Bulgarian: 
е дълго 500 базови двойки.
Сега можеш да използваш този ДНК маркер,
който е от тези стандартизираните,
да измериш колко базови двойки са това.
Това синьото тук –
това е група ДНК,
малко по-дълга от 500 базови двойки.
Но е по-къса от 1500 базови двойки.
Можеш да вземеш това зеленото,
то е малко по-дълго от 1500 базови двойки,
не е мигрирало толкова далеч колкото
този голям пакет от 1500.
Тогава можеш да получиш по-добро приблизително решение.
И можеш да избереш маркера, според
това какво мислиш, че ще откриеш тук,
какво точно ще търсиш.
Другото нещо, което трябва да отчетем,
когато видим, че ДНК е мигрирало
толкова далеч:
това една ДНК верига ли е,
една ДНК нишка ли наблюдавам?
Връщам се към мерките.
Това са много, много, много ДНК,
които наблюдаваш.
Те не са всички така издължени.

English: 
let's say this over here
is 500 base pairs long.
And so now you can use this DNA ladder,
these standardized ones,
to gauge how long, how
many base pairs these are.
So you say okay, this blue one here,
this is a bunch of DNA
that's a little bit
longer than 500 base pairs
but it's shorter than 1500 base pairs.
You can see this green one here,
well it's a little bit
longer than 1500 base pairs,
it didn't migrate quite as fair as this
big bundle of 1500 base pairs guy did.
And so then you can get
a better approximation.
And you can choose your ladder based on
what you think you are
going to find there,
what you're actually going to look for.
Now the other thing to appreciate is,
when you see, when you see
the DNA having migrated
this far, you might say okay,
is this one DNA strand,
is that one DNA strand
that I'm looking at?
And just going back to
the measurements, no.
That is many, many, many, many DNAs
that you're looking at.
And this is, they're not
all stretched out like that.

Bulgarian: 
Помни, че дори нещо, което е 5000 двойки дълго,
е един или два микрометра,
ако го разтеглиш.
Така че дори няма да можеш да ги виждаш,
това е една хилядна от милиметъра.
Дори няма да можеш да го видиш.
Това са много, много, много молекули ДНК,
които са се придвижили до тук.
И дори не трябва да са чак толкова малки,
за да могат да мигрират през полизахаридния гел.
Последното нещо, което сигурно си казваш е:
"Чакай, как тогава го виждам ето тук?
Как реално виждам това ДНК?
Особено ако са тези толкова дребни молекули."
Отговорът е, че слагаш някаква
маркировка на ДНК-то, която ще ги направи видими.
Някаква боя например, или нещо
флуоресцентно.
Едно от обичайните използваните
неща е етидиев бромид.
Етидиевият бромид се нарича реагент за интеркалация.
Това е молекула. Можеш да я
видиш тук. Това са две ДНК вериги,
можеш да видиш базовите двойки свързани тук.
А това тук е
етидият, който се е вклинил.

English: 
Remember, even something
that is 5000 base pairs long
is only going to be one to two micrometers
if you stretch it out.
So, you wouldn't even be able to see it,
it's a thousandth of a millimeter.
You wouldn't you even be able to see it.
So this is many, many, many molecules
of DNA, is migrating that far.
And they wouldn't even
have to be that small
to be able to migrate through
that polysaccharide gel.
Now the last thing you're
probably saying is okay,
wait, but how am I even
seeing it over here?
How do I actually see this DNA?
Especially if they're these
super, super small molecules?
And the answer is you
put some type of marker
on the DNA, that will make them visible.
Some type of dye, or something that
might become fluorescent.
And one of the typical things
that people often use it ethidium bromide.
And ethidium bromide is
called an intercalating agent,
and it's a molecule,
you can see the ethidium
right over here, these are
two DNA, two backbones of DNA,
you can see the base pairs bonding here,
and then this right over here
that is ethidium that has fit itself,

Bulgarian: 
Затова го наричаме интеркалация.
Вклинил се е между стъпалата на стълбата.
Като направи това вътре в молекулата,
тя става флуоресцентна
под UV светлина.
Ако сложиш този етидиев бромид
във всичките ДНК ето тук,
и те мигрират. И после
включиш UV светлина, те ще станат флуоресцентни.
И ще можеш да ги видиш.
Ако искаш да разбереш как
би изглеждало в действителност –
изглежда ето така.
Ако го гледаш дректно.
Това тук ще да е гнездото.
Нека го направя по-добре четимо.
Това тук ще е гнездото,
където си сложил ДНК-веригата
и ще излезе със стандартизираните мерки.
Може би това са 5000 двойки,
това 1500,
а това тук 500 базови двойки.
И да речем, че имаш разтвор на
друго ДНК. И изчакваш малко.

English: 
that's why we call it intercalating,
it has fit itself in between
the rungs of the ladder.
And when it does so, inside of DNA,
it actually becomes
fluorescent when you apply
UV light to it.
So if you put this ethidium bromide
into all of your DNA right over here,
and then as it migrates,
and then if you were to
turn on a UV light, it
would become fluorescent,
and you would actually see these things.
And so if you wanted to see what it
actually would look like in real life,
well this is what it would look like
when you were to, if you were
to look at it straight on.
Where this would have been a well,
let me make it a little
bit easier to read.
So right over here would
have been the well,
where you would put the DNA ladder,
and it would come up with
standardized measurements.
Maybe that's our 5000 base pairs,
this right over here
is our 1500 base pairs,
and this right over here
is our 500 base pairs.
And then let's say you had some solution
of some other DNA, and
you wait a little while,

English: 
and you see look, it
migrated not quite as far
as a 500 base pair, so
it must be little bit,
this must be a bundle
of things a little bit
longer than 500 base pairs,
but for sure a lot shorter
than 1500 base pairs.
Now once again, doesn't have to have
just one fragment length,
you could have had
another group that was, maybe
right at 1500 base pairs.
And you've probably seen this,
whenever you see people
talking about genetic analysis,
and things like this,
you're often seeing people
look at one of these read-outs from
gel electrophoresis.
So now you know what's
actually going on here.
This isn't a strand of DNA, this is a big,
this is a bunch of DNA
that has been tagged
with some type of a dye,
or the ethidium bromide,
or something like that.
And it's a bunch of those molecules
and they've migrated based on the charge.
They're trying to get away
from that negative charge
to the positive charge.
And the smaller molecules,
this is a bunch of
small molecules, right over
here, are able to get further
because they're able
to get through the mesh
of the agarose gel.

Bulgarian: 
След това виждаш, че то е мигрирало чак до
мястото с 500 базови двойки. Значи
трябва да е група от неща малко
по-дълги от 500 двойки.
Но със сигурност доста по-къса от 1500 базови двойки.
Още веднъж: не е задължително да
имаш само една дължина. Може да си имал
друга група, която е точно 1500 двойки.
И сигурно си го виждал,
когато чуеш хора да говорят за генен анализ
и подобни неща. Често виждаш хора
да разглеждат тези разпечатки
от гел електрофорези.
Как знаеш какво точно се случва тук?
Това не е една нишка ДНК, това е
голяма група от ДНК, която е маркирана
с някаква боя
или етидиев бромид или др.
Това е пакет от тези молекули
и те са мигрирали заради заряда.
Те се опитват да избягат от отрицателния заряд
към положителния.
Най-малките молекули, това е
група от малки молекули ето тук, успяват да стигнат най-далеч,
защото могат да се промушат през решетката
на агарозния гел.
